Vaikein vaihe ortoreksian hoidossa on hyväksyä se tosiasia, että potilaan terveellisenä pitämä ruokavalio ei olekaan terveellinen.
Tohtori Bratmannin mukaan tämä hoito on hieman helpompaa kuin anoreksian tai bulimian hoito, ja hän perustelee sitä sillä, että potilas tulee usein itsetietoiseksi riippuvuudestaan ja pakkomielteestään ruokaan.
Tämä on kuitenkin avainhetki hoidossa, sillä todellisuuden hyväksyminen on vaikeinta.
Ihannetapauksessa ortoreksian ja muiden syömishäiriöiden hoitoa johtaa psykiatri yhteistyössä ravitsemusohjaajan kanssa.