Munasarjakystien hoito riippuu kystan tyypistä, sen syystä, koosta ja naisen iästä. Kystan havaitsemisesta seurannan kautta leikkaukseen.
Suurin osa hedelmällisessä iässä olevilla naisilla esiintyvistä kystista on toiminnallisia kystia. Ne häviävät luonnollisesti 3 kuukauden kuluessa, vaikka ne voivat aiheuttaa komplikaatioita.
Jos kysta ei repeä tai aiheuttaa verenvuotoa, kirurginen hoito on tarpeen.
Hoito voi koostua kystaa kutistavien lääkkeiden, ei-steroidisten tulehduskipulääkkeiden ja kipulääkkeiden antamisesta.
Kun kystat uusiutuvat, annetaan ehkäisypillereitä ovulaation ja uusien kystien muodostumisen estämiseksi.
Kun epäillään syöpää, kystat poistetaan usein laparoskopialla.
Kirurginen poisto tarkoittaa kystan poistamista viillon kautta ja näytteen ottamista koepalaa varten syövän poissulkemiseksi.